Legálně provedená stavba vrtané studny musí projít nejprve územním řízením na stavebním úřadě, následně stavební řízení na vodoprávním úřadě a po provedení stavby také kolaudační řízení na vodoprávním úřadě.

Ještě než se vydáte na úřady měli byste si nechat udělat hydrogeologický posudek od odborníka s kulatým razítkem, který Vám posoudí hydrogeologické poměry na dané lokalitě, navrhne vhodná místa na stavbu vrtané studny, hloubku, uvede depresivní kužel, navrhne podmínky pro stavbu a množství odebírané vody z vrtné studny. Následně byste si měli nechat vypracovat projektovou dokumentaci pro územní řízení, která musí být vypracovaná autorizovaným inženýrem pro vodohospodářské stavby. Pokud se daná lokalita nachází v určitém ochranném pásmu, určitě budete potřebovat také vyjádření či stanoviska dotčených orgánů.

Územní řízení

Co budete potřebovat pro územní řízení ke stavebnímu povolení vodního díla /vrtané studny/ podle §15 zákona č.254/2001 Sb. a povolení s nakládání s vodami podle § 8 zákona č.254/2001Sb.

• Řádně vyplněnou žádost.
• Projektovou dokumentaci pro územní řízení.
• Hydrogeologické vyjádření.
• Vyjádření správců inženýrských sítí.
• Výpis z KN.
• Pokud nejste vlastníkem pozemku- smlouvu o právu provést stavbu.
• Vyjádření či závazná stanoviska dotčených orgánů státní správy (pokud se dotýká zájmů chráněných zvláštními předpisy).
• Dále si stavební úřad obvykle vyžádá vyjádření vodoprávního úřadu, který bude studnu následně povolovat.
• Za územní řízení je nutné zaplatit správní poplatek 300,-Kč.

Stavební řízení

Jakmile územní řízení nabude právní moci, můžete na vodoprávním úřadu podat žádost o stavební povolení. Spolu se stavebním povolením musíte také žádat o odběr podzemních vod z vrtané studny.

Co budete potřebovat pro stavební řízení a řízení k odběru:

• Řádně vyplněnou žádost.
•  Územní rozhodnutí s doložkou nabytí právní moci nebo sdělení nabytí právní moci.
• Projektovou dokumentaci pro stavební řízení vypracovanou podle vyhlášky 499/2006Sb. o dokumentaci staveb ve dvou vyhotoveních.
• Kopii katastrální mapy - obvykle bývá součástí projektové dokumentace.
• Hydrogeologické vyjádření ve dvou vyhotoveních.
• Doklad prokazující vlastnické právo k pozemku nebo stavbě anebo právo založené smlouvou provést stavbu nebo opatření anebo právo odpovídající věcnému břemenu k pozemku nebo stavbě. 
• V případě inženýrské sítě na pozemku - vyjádření správce sítě.
• V případě ochranného pásma na pozemku - vyjádření či závazné stanovisko dotčeného orgánu státní správy.
• V případě zástupu plnou moc.
• Pro vrtanou studnu hlubší než 30m - stanovisko Obvodního báňského úřadu.
• Souhlas stavebního úřadu dle § 15 stavebního zákona.

Účastníci řízení a dotčené orgány

• Žadatel.
• Majitelé sousedních pozemků.
• Obec.
• Povodí Vltavy,Moravy apod.
• Dotčené orgány mohou být např. správa CHKO, Ministerstvo zdravotnictví, obvodní báňský úřad, stavební úřad,  který povoloval studnu v územním řízení.

Postup správního orgánu

Vodoprávní úřad obešle účastníky řízení a dotčené orgány oznámením o zahájení řízení, kde pro žadatele uvede, co by ještě měl doložit a informuje ho, že by měl zaplatit správní poplatek za stavební povolení, který činí 300,-Kč. V následném rozhodnutí by mělo být specifikováno o jakou studnu se jedná a jaký odběr bude ze studny prováděn. Studna musí být využívána pouze k tomu účelu, který je stanoven v rozhodnutí. Po nabytí správní moci rozhodnutí stavební úřad zašle žadateli sdělení nabytí právní moci, štítek stavba povolena a ověřený originál projektové dokumentace a hydrogeologického vyjádření. Až po nabytí správní moci může být stavba zahájena.

Stavební povolení má platnost 2 roky.

Kolaudační souhlas

Abyste mohli využívat vrtanou studnu a odebírat z ní vodu, musíte si jí po vybudování nechat vodoprávním úřadem zkolaudovat. Postup následující:

• Podání žádosti spolu se všemi doklady.
• Správní orgán Vám zašle pozvání na kontrolní prohlídku.
• Po závěrečné kontrolní prohlídce vydá správní orgán kolaudační souhlas.